著者 : 小笠原智史
プラントとロゴスの戦いは、宇宙に舞台を移し、ジブリールはついに恐るべき大量破壊兵器でプラント攻撃を敢行する！ 世界の終わりを目前にキラは、アスランは、そしてシンは、それぞれの思いを胸に宇宙を翔る!!
戦火を拡大させる脅威としてアークエンジェルを討て──ついに下されたミネルバへの特命。ステラをフリーダムに奪われたシンの瞳が赫く燃える！ その怒り、すべてを灼き尽くすまで鎮まらぬ運命なのか!!
激化する戦争を終わらせるべく、ついに参戦したアークエンジェル。それによってミネルバは、思わぬ犠牲者を出した。一方、敵とは知らずに心を通わせたシンとステラだったが、戦争という現実が二人を引き裂いていく…
再び戦乱の渦に呑まれた世界。地球連合軍の圧制に抵抗するレジスタンスたちを支援するためミネルバは、ユーラシア西部を目指す。一方、ザフトに復隊したアスランはミネルバに合流するためオーブを目指すが──。
C.E.73──ザフト・地球連合の戦いが停戦して二年。プラントで開発中だった三機の新型ガンダムが奪取された！ 新造艦ミネルバは、強奪犯追討のために出航するが、これは新たなる戦乱への幕開けにしか過ぎなか
亡きウズミの遺志を継ぎ、宇宙へ飛び立ったキラたちにクルーゼ隊と地球軍の追撃が迫る。三つ巴の火線が交錯するなか、宿敵同士が相まみえるとき、封印されし扉がついに開かれる……。物語はいよいよ最終局面へ！
ストライク爆散──！ キラを失ったアークエンジェルは、多大な犠牲を払いながらもついに地球連合軍統合司令部へとたどり着く。だが、そこでマリューたちクルーを待っていたものは、さらに苛酷な道であった……!!
クルーゼ隊の追撃を振り切り、地球へと降下したアークエンジェル。だが予定していたポイントを大きく外れ、敵の勢力圏内真っ只中へと降り立ったキラたちの前に、新たなる難敵ザフトの名将”砂漠の虎”が立ち塞がる！
C.E.70、ザフトと地球軍の戦端が開かれ11ヶ月。戦況を打破すべく地球軍が開発した新型MSを狙うザフトの奪取作戦に巻き込まれたキラ・ヤマト。彼が新型機X-105ストライクに乗り込んだとき、運命は急加