80年代に旋風を巻き起こしたアメリカン・コミックが、フルCGによる劇場用長編アニメとして再登場。ニューヨークの地下道に暮らしていた忍者ガメのレオナルドやラファエロたちが、平和を脅かす極悪犯罪団に戦いを挑む。