黒幕ゲーム2 学園の黒幕ですが最強暗殺者の未来を救ってもいいですか?
危険で有能な仲間たちをスカウトし、永彩学園内で完全犯罪を成し遂げる秘密結社【迷宮の抜け穴(アナザールート)】の黒幕となった俺・積木来都。
最初の歴史改変で名乗りを上げた俺たちが次に挑むのは、一学期末定期試験ーー仲間の潜里羽依花が友人を引き金に「最強暗殺者」に闇堕ちしてしまう歴史的特異点(デスポイント)だ。
真の目的を隠したまま、潜里の闇堕ち阻止のために俺がとった行動は、一条さんとペアを組んで試験に挑むこと!?
(なぜか一条さんも)ドキドキしながら最強の協力者を得た俺たちは、敵の黒幕の罠をかい潜り、未来を変えることができるのか?
これが、黒幕同士の戦いの本当の始まりだーー!