俺の幼なじみは宇宙人に侵略されている
幼なじみの二ノ宮桐子は人が引いてしまうほどの超オカルトマニアだ。オカルト研究部部長の彼女が変なことをおっぱじめないよう、結城小次郎は桐子を監視しつつ、なんとかして普通の女子高生になって欲しいと考える。しかし、桐子がオカルト好きになった原因を知る小次郎にとって、それは至難の業だった。もう一人の部員である藤原之詠も幼少期の記憶をなくしているという謎多き人物。三人だけのささやかなメンバーだが、部室には怪しい蔵書と奇妙なオブジェと魔女(?)の薬草…なにが出て来るかわからないホラー感満載のオカルト研究部に、ある女生徒が訪ねてくる。彼女の相談を受けたことにより、オカ研と小次郎の運命は一変するのだった。