作者 : ブラッドレー・ボンド+フィリップ・N・モーゼズ
ザイバツに囚われてしまったユカノ。 その彼女を賓客として迎えるザイバツのグランドマスター、パラゴンは、 ユカノにロードの尊さ、ザイバツの理念、そしてニンジャ千年王国について熱く語る。 その内容にユカノは、大きく惑わされてしまうのだった。 その夜、ユカノの寝所にタカギ・ガンドーが現れる。 ニンジャスレイヤーの友達と挨拶したガンドーに驚きつつも、ユカノは彼の話に耳を傾けるのだった。 数日後、ユカノとの連絡手段を確保したニンジャスレイヤーとガンドーは、 ユカノとキョート城への侵入、そして彼女を救出する計画をまとめる。 そうして迎えた侵入計画決行の前夜、眠るユカノの夢の中にとあるニンジャが現れ、 彼女にニンジャスレイヤーに関わる不吉な予言を語り始めるのだったーー。
強敵、メンタリストに対するアンバサダーとイグナイト。 そのイクサにニンジャスレイヤーが介入してきた。 メンタリストの強力なゲン・ジツ、そのことごとくを打ち破るニンジャスレイヤー。 マッポ、デッカーの横槍がありつつも、見事メンタリストを降し、ニンジャスレイヤーがイクサを制した。 それを見たアンバサダーはキョートに繋がるポータルを開く。 そこにニンジャスレイヤーが迷わず飛び込むと、それを倒れたと思われていたメンタリストが追う……。 ポータルの中を進むニンジャスレイヤーだったが、 キョートではなく異世界めいた戦場世界の荒野に流れ着いてしまった。 その硝煙薫る荒野に金属質なピンク色のニンジャ装束が一つ……、ザ・ヴァーティゴだ！ アイサツを交わす二忍……。そこへさらにオバケめいたニンジャ、インクィジターが現れた！ 果たしてニンジャスレイヤーは、無事キョートへ辿り着けるのか！ さらに新章「シャドー・コン」開幕！ 秘密めかした闘技スポットで開催されるニンジャによるバトル・トーナメント、そこで起こる大番狂わせ……。 そこにはあのニンジャの影があった！！
ワイルドハントとのイクサが終わったと思いきや、ザイバツとアマクダリがニンジャスレイヤーを強襲。 ジリープアーに陥るかに思えたその時、ネズミハヤイD3が現れてニンジャスレイヤーを救い出した。 そして窮地を脱したニンジャスレイヤーは師の孫娘、ドラゴン・ユカノを預けたネオカブキチョの一角にあるバー「絵馴染」にいた。 そこへユカノをさらうためザイバツのニンジャ、メンタリストが現れる。 ユカノを護るべく戦うニンジャスレイヤーとヤモト・コキだったが、 メンタリストのゲン・ジツに翻弄され、ユカノは連れ去られてしまった。 その直後ニンジャスレイヤーに謎の電話が入る。電話の主よりネオサイタマにいる双子のザイバツ・ニンジャの弟、アンバサダーを捜せとニンジャスレイヤーは指示を受けるのだった。 ところ変わってキョートでは、探偵でありニンジャとなったタカギ・ガンドーが双子ニンジャの兄、ディプロマットの元を訪れていた。 ニンジャスレイヤー、ガンドー、双子のディプロマットとアンバサダー、 ネオサイタマとキョートで四忍とザイバツが激突する!!
大恩ある師の孫娘、豊満美女のユカノをザイバツの手から守り切ったニンジャスレイヤーに 昔からの協力者であるもう一人の眠れる豊満美女、ナンシーの身が危ないとの一報が入る。 急遽、彼女が眠り続けるネオサイタマのノビドメ・シェードに入ったニンジャスレイヤーの前に アマクダリ・セクトのモータヤブ改善が立ちはだかった。 さらに街の至る所に仕掛けられた爆弾の罠が彼を襲うが、辛くも地下に入り難を逃れるニンジャスレイヤー。 その頃、カンオケ・ホテルの一室で眠り続けるナンシーに、ヤバイ級のヘンタイニンジャ、モスキートの汚染血液滴るニードルが迫っていた。 急げニンジャスレイヤー、急げ！ ナンシーをウルトラハードな蹂躙の危機から救え！！
キョート共和国、アッパーガイオンにあるカチグミ企業、 コケシ・マニュファクトリの社長室で繰り広げられる暗黒武道ピストルカラテの達人同士のイクサ！ 片や逆恨みめいた妄執で己の父をも狙うガンスリンガーことコケシ・ソイチ。 片や助手が殺された事件の真相を追う中で、ニンジャとなった探偵、タカギ・ガンドー。 二忍とも一歩も引かないそのイクサは、まさに互角！ だがその時、ガンドーの銃が不吉な音を立てる。それはそれは死神の囁きめいた不発の音！ ブッダ！ガンドーはガンスリンガーの凶弾に逝ってしまうのか？？ そして新章開幕！ ネオサイタマ、ネオカブキチョにあるバー「絵馴染」にてひと時の休息をしていたニンジャスレイヤーに一本の電話かかってくる。 その大宇宙の彼方から聞こえてくるような声が告げるのは、 大恩ある師、ドラゴン・ゲンドーソーが孫娘、ユカノに関することだった。 ザイバツ、アマクダリ、暗黒メガコーポ、イッキ・ウチコワシ、そしてニンジャスレイヤー……。 ユカノを巡る大イクサが今始まる！！
超弩級豪華客船グランド・オモシロイを舞台にスズキ・キヨシによる怪盗ショーが始まった。 立ち込める白煙の中、ガンドーは推理と爆発的行動力で怪盗を追い詰め、ついに現行犯で捕まえることに成功する。 報酬を手にシキベのところへ向かったガンドーだったが、彼を迎えたのは凶弾に倒れたシキベだった。 次にガンドーが目を覚ますとそこは病院。 目覚めたばかりのガンドーの前に置かれた小さなバイオニューロンチップ。 それにシキベの記憶があることを聞かされたガンドーだったが、 同時に今の技術ではどうしようもできないことを聞かされ絶望するのだった。 シキベの死から数年ーー。ガンドーは、未だあの事件を調べ推理していた。 そんなところにニンジャスレイヤーが現れ、報酬目当てでニンジャスレイヤーを助け始めたガンドー。 何度か大きなヤマを共に越える内に、二人の間には確かな友情が生まれていた。 そんな折、自分がかつて捕まえたスズキ・キヨシことコケシ・ソイチの刑務所脱走を知る。 ソイチの脱走直後から始まったシキベ・タカコの死を模した連続猟奇事件。 これに気づかぬガンドーではなく、誘いと知りつつ次の犯行現場と推理したところへガンドーは一人乗り込んだ。 囚われた女性を助けるべく、群がるクローンヤクザを暗黒武道ピストルカラテで一掃するガンドー。 そんなガンドーの前にガンスリンガーと名乗るニンジャが現れた。 このニンジャこそガンドーへの復讐に燃えるコケシ・ソイチ。 警戒しピストルカラテの構えをとるガンドーだったが、ソイチも鏡合わせのように同じ構えをとる。 同じカラテを使うモータルとニンジャの絶望的なイクサが始まった！！
ニンジャスレイヤーとダークドメインのイクサ、その趨勢はダークドメインに傾きつつあった。 ニンジャスレイヤー目掛け振り下ろされるカイシャクのアンタイ大剣。 ニンジャスレイヤーも最早ここまで！ と誰もが思った時、スリケンが大剣を押し戻した。 そこから始まるニンジャスレイヤーの猛反撃。聖なるヌンチャクの無慈悲な連続打擲の前に、 ついにダークドメインは爆発四散するのであった。 大イクサを終え、その場を離れるニンジャスレイヤー。 だが彼の胸中を占めるのは数々の謎と仲間である二人、シルバーキーとタカギ・ガンドーの安否だった。 そして舞台はキョートに移る。 琵琶湖に沈みゆく男の影……。その影こそ他ならぬガンドーだった。 水底に沈むガンドーの思考は入り乱れ、とある過去の事件へと流れていく。 かつての助手、シキベ・タカコ、怪盗スズキ・キヨシ、その怪盗の捜索を依頼してきた正体不明の富豪……。 この過去の事件がガンドーにもたらしたものとは？ 何故、今、琵琶湖に沈みつつあるのか？？ ガンドーの死はニンジャスレイヤーの復讐劇に如何なる影響をもたらすのか？？？
舞台はネオサイタマ、マルノウチ・スゴイタカイビル。 そこで始まってしまったザイバツとアマクダリの2大ニンジャ組織の大イクサ！ クリスマスに賑わう街は、モータルの命が無惨に散る マッポーカリプスめいたジゴクと化してしまった。 その地獄をさらなる業火で包むように、各々の組織のトップ、 ダークドメインとフューネラルがまっこうから激突！ 先制をとったのはフューネラル。 そのマントから溢れ出させた蛍光色彩の蝶々めいた塊ををもってダークドメインを包み、 さらにダークドメインを締め上げんと極彩色の巨大ムカデを出現させた。 手を緩めることなく奇怪極まりない奇妙で派手なゲン・ジツを繰り出すフューネラル。 だが対するダークドメインは気にすることなくフューネラルに近づき、 その手にしたアンタイ・ウェポンでフューネラルをなんなく撃破、カイシャクしてしまった。 一方、イクサ場から遥か地下深くではシルバーキーがナラクの力を解放し、 ニンジャスレイヤーの力とすべく、目の前に現れた禍々しい扉を開け放つ。 そこより飛び出したモノはニンジャスレイヤーを覆った。 気がつくとニンジャスレイヤーは、太古の昔から現代に至るまで、 ニンジャに殺された力無き人々の怨みの数々を見せられていた。 それらにはニンジャスレイヤー＝フジキドの家族のモノも……。 果たしてニンジャスレイヤーは、再びナラクの力を己のモノとできるのか？ 冷酷非情なニンジャ、ダークドメインとのイクサは？？
ネオサイタマはネオカブキチョ、ニチョームストリートで繰り広げられるイクサ！ニンジャスレイヤー、シルバーキー、ヤモト、ネザークイーンの四忍がプロセッサーを追い詰める。その時、レッドゴリラとアロンダイトが現れた！その隙に逃げ出すプロセッサーをヤモトが追いかける。一方その場に残ったニンジャスレイヤーとネザークイーンは、レッドゴリラとアロンダイトとの決戦に臨む。その激しいイクサを傍観者めいて見ているニュービーニンジャ、シルバーキーだったが……。果たして勝利の天秤はどちらに傾くのか！？そして新章開幕！冷酷非情なニンジャ、ダークドメイン、その恐るべきムシアナ・ジツにニンジャスレイヤーよ、如何に戦う！？
舞台はキョートからネオサイタマはネオカブキチョ、ニチョーム・ストリートに！ 儚き美少女ニンジャ、ヤモトコキ参戦！！ デスドレイン一味とのイクサに勝利したダークニンジャ、ザイバツにガンバルゾーの声が響き渡り、 とあるキョートの片隅では、青年カタオキがニンジャ、シルバーキーとして覚醒する！ そして舞台はキョート、ガイオン・シティからネオサイタマ、ネオカブキチョのニチョーム・ストリートに！ そこには街を密かに護るニンジャ、ネザークイーンがいた。 その正体は、ゲイバーを営むオネエ、ザクロ！ このゲイバーにアンニュイな雰囲気を纏う美少女の姿があった。 名を、ヤモトコキ、彼女もまたニンジャである。 ニチョームを覆う陰謀を解決すべく動きだしたヤモトとネザークイーン。 そこへニンジャスレイヤーとシルバーキーが深く関わっていく……。 果たしてネオカブキチョに平穏は訪れるのか？ そしてキョートからネオカブキチョに現れたニンジャスレイヤーの目的とは！？
宿敵ダークニンジャに与する運命者、マスタートータスとの大イクサ！ 謎に満ちた運命者との決着は！？ 三種の神器が一つ、聖なるヌンチャクを巡るイクサは、 運命者の一人、マスタートータスとの大イクサに発展する。 ニンジャスレイヤーに向け、数々の攻撃を放つマスタートータス。 その猛撃に苦戦するニンジャスレイヤーは、 再び己の中に棲まうニンジャソウル、ナラクとの融合を果たす。 そうして聖なるヌンチャクの力を使いこなし、ニンジャスレイヤーはマスタートータスを倒すのだった。 その頃、地上、キョート・アッパーガイオン・オミヤゲストリートでは、 デスドレイン率いる極悪犯罪ニンジャ集団がモータルに殺戮の嵐を叩きつけていた。 それを止めるべくザイバツ・シャドーギルドは、ニーズヘグとダークニンジャを送り込む。 雅で奥ゆかしいキョート市街にニンジャのカラテシャウトとイクサの調べが響き渡るーー。 勝利の凱歌を上げるのは、果たして！？
緊急警告！「ニンジャ文明」は紀元前から存在していた！！ まだダークニンジャがフジオ・カタクラだったころ、 彼はネオサイタマから遠く離れたエジプトのピラミッドを探索していた。 そこで彼は巨大なニンジャのスフィンクス（！？）を発見してしまう！！ ニンジャスレイヤーの宿敵、ダークニンジャの裏切りの業、 全てはここから始まり、そして家系に掛けられた呪いにより運命づけられたことだった！！ その呪い、因縁は遥かな過去、忘れられたニンジャ神話、真の歴史に繋がっていく……。 ニンジャ大戦、カツ・ワンソー、ニンジャ六騎士とは？？ シリーズ累計150万部突破の超人気サイバーパンクニンジャ小説、 その第二部を衝撃重点コミカライズ！！
満身創痍ながらも、ついにラオモト・カンの待ち受けるトコロザワ・ピラーへと辿り着いたニンジャスレイヤー。そこには宿敵・ダークニンジャと、精鋭ニンジャ集団ソウカイ・シックスゲイツが待ち受けていた！
ついにニンジャスレイヤーの仇敵、ラオモト・カンとの最終決戦の火蓋が切られた！ 七つのニンジャソウルを宿すラオモトの圧倒的パワに抗う術はあるのか……！ 第一部「ネオサイタマ炎上」完結！
ラオモト・カン暗殺計画の実行を翌日に控えたニンジャスレイヤーは、ふとした縁で隣人の女性・アガタの窮地を救う。しかしその行動をきっかけに、ニンジャスレイヤーの居所がソウカイヤに発覚し……!?
キョート行きのシンカンセン車中にて、ザイバツ・ニンジャたちとの集団戦闘はクライマックス！ ゾンビーニンジャ・ジェノサイドとゲイシャ・ユリコの終着駅は、果たしてジゴクかーー！
ダークニンジャとの死闘で重傷を負ったニンジャスレイヤーことフジキド・ケンジは、あるヨージンボーの男と出会う。悲しみを背負った男たちの、ハードボイルドニンジャ活劇！
ネオサイタマを牛耳る「ソウカイヤ」を壊滅させたニンジャスレイヤーは、次なる標的ニンジャ組織「ザイバツ」の本拠地、キョート行きのシンカンセンに乗り込む。だがその車中にはザイバツ・ニンジャの影が……！
マルノウチ・スゴイタカイビルの悲劇から1年……犠牲になった妻子の仇を討つため、ネオサイタマの聖夜にニンジャスレイヤーが跋扈する！ 【メリー・クリスマス・ネオサイタマ】を収録！
