作者 : 余湖裕輝
シャドー・コンのドヒョーにて対峙する二忍、ニンジャスレイヤーとサラマンダー。 ニンジャスレイヤーから放たれる強烈なカラテを絶対防御カラダチにて受けるサラマンダー。 タツジン同士の攻防の中、ニンジャスレイヤーが強力無比なカラテ投げ技「アラバマ落とし」をサラマンダーに見舞った。 だがドヒョーに上がる土煙が晴れるとそこにはドヒョーを拳で殴り、倒立状態でたたずむサラマンダーの姿が!? 危機から反転、攻勢に出たサラマンダーは、ニンジャスレイヤーに先ほど受けた「アラバマ落とし」を仕掛け、 ニンジャスレイヤーがドヒョーに突き刺さる。 その時、記憶を失くし、己が何者か分からずただ観ているだけだったユカノのニューロンが活性化！ 記憶が蘇ったユカノの叫びにより、一度はドヒョーに沈んだニンジャスレイヤーも復活！ その様を見たサラマンダーは、さらにチャドーの奥義を見せろとニンジャスレイヤーを挑発する。 出るかチャドー奥義アラシノケン!? カラテのタツジン二忍のイクサの行方、果たしてーー??
キョートを牛耳るザイバツが運営する地下格闘トーナメント 「シャドー・コン」に潜入すべくニンジャスレイヤーは、 落ちぶれた道場主、モミジ・ヤンガの下を訪れる。 だがニンジャスレイヤーの目的は、トーナメントの優勝ではなく、 師の仇、サラマンダーの下から師の孫娘、ドラゴン・ユカノを救出することだった。 ザイバツのグランドマスターでもあるサラマンダーに近づくには、 シャドー・コンにて優勝し、優勝杯を授与されるその時しかない！ 一回戦でランバージャックを、二回戦でモーターナガサマを圧倒したニンジャスレイヤー。 そうして迎えた決勝戦、対戦相手はサラマンダーの部下、ミラーシェード。 ニンジャスレイヤーが暗黒カラテ、カポエイラのアルマーダ・マテーロを繰り出せば、ミラーシェードは、同じカポエイラのメイアルーアジコンパッソで対抗！ 伝説の暗黒カラテ蹴りの応酬、予測不能なイクサの決着や如何に！？ 果たしてニンジャスレイヤーは、ミラーシェード、さらにサラマンダーをも下し、 ユカノを助けだすことができるのか！
舞台はネオサイタマ、マルノウチ・スゴイタカイビル。 そこで始まってしまったザイバツとアマクダリの2大ニンジャ組織の大イクサ！ クリスマスに賑わう街は、モータルの命が無惨に散る マッポーカリプスめいたジゴクと化してしまった。 その地獄をさらなる業火で包むように、各々の組織のトップ、 ダークドメインとフューネラルがまっこうから激突！ 先制をとったのはフューネラル。 そのマントから溢れ出させた蛍光色彩の蝶々めいた塊ををもってダークドメインを包み、 さらにダークドメインを締め上げんと極彩色の巨大ムカデを出現させた。 手を緩めることなく奇怪極まりない奇妙で派手なゲン・ジツを繰り出すフューネラル。 だが対するダークドメインは気にすることなくフューネラルに近づき、 その手にしたアンタイ・ウェポンでフューネラルをなんなく撃破、カイシャクしてしまった。 一方、イクサ場から遥か地下深くではシルバーキーがナラクの力を解放し、 ニンジャスレイヤーの力とすべく、目の前に現れた禍々しい扉を開け放つ。 そこより飛び出したモノはニンジャスレイヤーを覆った。 気がつくとニンジャスレイヤーは、太古の昔から現代に至るまで、 ニンジャに殺された力無き人々の怨みの数々を見せられていた。 それらにはニンジャスレイヤー＝フジキドの家族のモノも……。 果たしてニンジャスレイヤーは、再びナラクの力を己のモノとできるのか？ 冷酷非情なニンジャ、ダークドメインとのイクサは？？
ダークニンジャとの死闘で重傷を負ったニンジャスレイヤーことフジキド・ケンジは、あるヨージンボーの男と出会う。悲しみを背負った男たちの、ハードボイルドニンジャ活劇！
ネオサイタマを牛耳る「ソウカイヤ」を壊滅させたニンジャスレイヤーは、次なる標的ニンジャ組織「ザイバツ」の本拠地、キョート行きのシンカンセンに乗り込む。だがその車中にはザイバツ・ニンジャの影が……！