作者 : 池本幹雄
十羅の魔弾に倒れたボルトは、果心居士との過去を回想。居士が語った衝撃の未来とは!? そしてボルトが木ノ葉に捕らえられ激しい尋問を受けている最中、砂の里から異変の報が！ 新たな人神樹が発生して…!?
木ノ葉の里に襲来した神樹の十羅と左。ヒマワリを喰わんとする十羅に猪鹿蝶の第十班が抗う最中、ヒマワリの中の「九尾」が目覚めて…。一方、左もサラダと遭遇、戦闘が勃発。木ノ葉の窮地にボルトとカワキは!?
ボルトとカワキの立場が逆転した「大異変」から3年。コードが操る十尾が自我を持つ「神樹」へと進化し、世界の新たな脅威に！ サスケも「木」に取り込まれて…。再び里に戻ったボルトだが、そこにミツキの急襲が…!?
立場が逆転したボルトとカワキ。ボルトがナルトを殺した反逆者として追われて3年、木ノ葉隠れの里をコードと「爪アカ」が急襲、サラダ達が対応に追われる最中、成長したボルトが現れ!? 運命の渦が再び動く!!
木ノ葉の里で暮らし始めたエイダが、サラダとスミレを呼びだし女子トークを開始。その内容とは？ 一方、ボルトの内に潜むモモシキの存在を感じたカワキはある重大な決意をし…。里とボルトに大異変が発生!!
コードとエイダは袂を分かち、エイダは木ノ葉の里に与することに。第七班にも新たな任務が命じられる。その内容とは!? 一方、コードは十尾を用いた画策をはじめ…。不穏な空気漂う里にエイダが到着して!?
コードとの激闘の末、奇跡の生還を果たしたボルト。木ノ葉の里では今後の対応に追われる…。そんな中、当のコードがシカマルとアマドの前に出現! シカマルはある対策を実行するが…!? 里に再び緊張が走る!!
ボルトはコードとの戦いで、「楔」の力を発動。難敵と拮抗するボルトだが、突如体に異変が! モモシキの意識がボルトの体を乗っ取りコードやカワキと乱戦に。一方、ナルトもボルトのチャクラを追うが──!?
驚異的な能力を持つエイダの協力を得て、ボルト達に迫る「殻」の残党・コード。ナルト達は木ノ葉の里周辺でコードの能力「爪痕」を確認し警戒を強めるが、ナルトを慕うカワキの行動で思いも寄らぬ事態となり!?
ボルト達を大筒木の仇と狙う「殻」の残党・コードが行動を開始。「白き楔」の特殊な力を持つコードはある人物の覚醒を企む! 一方イッシキとの激闘後、気落ちするボルトに、カワキは「器」の用意を提案するが…。
大筒木イッシキとの激闘で新形態となったナルトと九喇嘛。木ノ葉の里を守るため、自らの命を削るナルト…。対するイッシキは寿命が迫るもチャクラを辿りカワキを捕らえる。その時、ボルトに異変が起こり!?
果心居士との戦いで、真の姿を現した大筒木イッシキ。「器」であるカワキに再び「楔」を刻み転生を果たすため、イッシキは木ノ葉の里へと襲来する!! 迎え撃つナルトとサスケ、そしてボルトの決意とは…!?
果心居士とアマドが「殻」を離反。アマドは木ノ葉の里に突如出現、シカダイを人質に取り、里にある要求を突き付け…。緊張の駆け引きで様々な謎が判明! さらに果心居士vsジゲンの大バトルが勃発する!!
異空間に囚われたナルト救出のため行動を起こしたカワキとボルト、ミツキ、サラダ。だがそこには「殻」の内陣・ボロが待ち構える…!! ボロの驚異の能力と忍術に為す術のない四人。絶体絶命の中、打開の策は…!?
木ノ葉の里の暮らしにも馴染んできたカワキ。だがボルトは自らの「楔」の変化に不吉な予感を抱く…。同じ頃、カワキの「楔」にも異変が生じ、そこからジゲンが出現!! ナルトはカワキを守ろうとジゲンと相対するが!?
白熱するナルトvsデルタの一戦! 激戦の中、苦境に陥ったデルタが卑劣な策に出る。その時、カワキが思わぬ行動をとり…。怒りに震えるデルタとナルトの勝負の行方は!? そしてボルト達は新たな局面を迎える!!
過去の「楔」にまつわるトラウマに縛られるカワキだが、居候を続けるうちに少しずつボルトたちに心を開き始める。しかし、カワキを追う「殻」の中核たちが木ノ葉の里に侵入し!? 再び、強敵が迫りくる…!!
自らと同じ印「楔」を持つ少年・カワキと邂逅したボルト。そこへ、カワキを「器」と呼ぶ「殻」の追手が。押されているかに見えたカワキだが、「楔」を解放し敵を退ける。その並ならぬ力に、ボルトの印が共鳴し!?
ボルト達の前に敵として現れた元忍の「青」! 優れた実力を持つ青は科学忍具を多用、ボルト達にはなす術もない。起死回生を図るボルトに策はあるのか!? VS.科学忍具、全開バトル開幕! 忍者に新時代が到来!!