マンガむすび | 1996年10月29日発売

疎遠だった父に呼ばれ、第3新東京市の国連特務機関ネルフへやってきたシンジは、父親への意地から汎用人型決戦兵器・エヴァンゲリオンのパイロットとなる。 目的、正体とも不明なまま次々と来襲する“使徒”との戦いは、少年には重すぎる恐怖と緊張を強いたが、同時に、これまで自分の中にのみ向いていたシンジの心を、他人とのかかわり合いに向けさせた。 しかし、その矢先、シンジは自分を監督するミサトのノートを見つけ、再び自分の殻に閉じこもってしまう。私的な感情で命令を無視したことを叱責されたシンジは、ネルフを飛び出すが、ミサトの本当の心に触れ、今度は自分の意思でエヴァのパイロットになることを選び、ネルフへと戻ったーー。