ネルフが引き取ったエヴァンゲリオン3号機の起動実験パイロットに、トウジが選ばれた。だが、実験開始後にトウジの乗った3号機が使徒に乗っ取られてしまった。シンジはトウジの乗った使徒と対決することにーー！？
霊感を持ちながらもノーテンキに明るい中学生・麦子と、同じく霊感を持ち、その力をビジネスに利用する神楽坂輝。おなじみ同級生コンビが今回は大阪旅行に出発。そこで不思議な少年・ビリーに出会って・・・・・・！
