作者 : 山本サトシ
ヌシポケモン戦！秘伝スパイスを入手せよ！ ミライドンのライド能力を取り戻すべく、バイオレットは岩壁のヌシ・ガケガニ、大空のヌシ・オトシドリと対決！ 一方スカーレットは「災いのお宝」の情報を求め、各地のジムを巡る！ パルデア地方の冒険は始まったばかりだ！
“スピード王子”、パルデア地方を駆ける！ ミライドンを駆る“スピード王子”バイオレットが、ミライドンの能力を取り戻すべく「秘伝スパイス」を求めてパルデア地方を駆けめぐる！ ヌシポケモンとの対決！ スターダスト作戦！ そしてもう一人の主人公は…！?
竜神降臨！星を守るのは伝承か？科学か？ 巨大隕石衝突まで…あと4日！ ゲンシカイキしたグラードン、カイオーガの力によって隕石に対抗しようとするマツブサ、アオギリの策に対し、ルビーは“竜神様”レックウザの捜索へ！ 迫るタイムリミット！ 最後の決断は…!?
ヨロイ島＆カンムリ雪原を大捜索！ 行方知れずとなった「くちたけん」「くちたたて」を求め、創人はヨロイ島で新たに出会ったポケモン、ダクマと共に修業をしながら、ホップたちはカンムリ雪原で伝説のとりポケモンたちと戦いながら、捜索を続けるが…!?
迫る巨大隕石！この星の危機を回避せよ！ 巨大隕石衝突まで…あと8日！ この星が消滅する危機が刻一刻と近づく中、襲撃者ヒガナに加え、マグマ団・アクア団も活動を再開！ レックウザを探すルビーにも新たな困難が!? 様々な思惑が交錯し混乱は加速する…！
カロス完結！ そして舞台はホウエンへ！ 完全描き下ろしのカロス地方の後日譚を掲載！ そして物語は第十三章「Ωルビー・αサファイア」編」へ！ ホウエン地方で巻き起こる「この星の危機」にルビー、サファイア、エメラルドたちが立ち向かう！
伝説の剣と盾！ザシアン、ザマゼンタ現る！ 恐怖の超常現象ブラックナイト！それにより巨大な魔竜ムゲンダイナ覚醒！圧倒的な力にダンデらもなす術なく…。が、その時伝説の2匹ザシアンとザマゼンタが姿を見せる！両者超激突の中、創人に異変が…!?白熱のvol.5!!
どうなるカロス！？命がけのラストバトル！ フレア団ボス・フラダリが潜伏する「ポケモンの村」でカロスの未来を掛けた超バトルが始まった！ メガシンカVSメガシンカ！ さらに伝説のポケモンを繰り出すフラダリに対し、エックスの一撃が爆発する!!
新展開！ちつじょポケモン・ジガルデ現る！ フレア団本拠地での決戦を経て一同は新たな冒険へ！ 先輩図鑑所有者もカロスへ駆けつける中、第3の伝説のポケモン“Z”をめぐるバトルが始まった。未知なる領域がエックスたちの前に、今、広がる！！
衝撃の敗北！ 立ち上がれ、エックス！ 攻勢に出るフレア団！ 伝説のポケモン・ゼルネアスが姿を変えた「大樹」も、ジムリーダー・コルニのキーストーンも、フレア団の手に落ちてしまう！ 追い込まれたエックスたちは敵本拠地へ乗り込むことに…!!
第3勢力登場？漆黒の弾丸、名はエスプリ！ 徐々に明らかになるメガシンカの謎。エックス一行も新しい手持ちを加え、激化するバトルに挑む！ 一方メガシンカ一族の拠点マスタータワーには黒いスーツの襲撃者が現れた!!
ミアレシティへ！メガシンカの謎に迫れ！ 狙われるエックスのリング！ そして「メガシンカ」とは？ 真相に迫るため、エックス達はカロス地方のポケモン研究の権威、プラターヌ博士のいるミアレシティを目指す！
ポケSP初のアクリルスタンド付き！ 『ポケットモンスターSPECIAL』のコミックス2冊同時発売を記念し、主人公と手持ちポケモンがセットになった特製アクリルスタンドが付いた特装版が登場！ 54巻には「B2W2編」の主人公ラクツとそのパートナーであるフタチマルのスタンドが！ イラストは山本先生描き下ろし！
