2003年7月18日発売
▼第1話/隠されていた真実▼第2話/good-byeジョディ▼第3話/蘭の推理▼第4話/信じられない結末▼第5話/満月の夜と黒い宴の罠▼第6話/血塗られた幽霊船▼第7話/透明人間現る!▼第8話/工藤新一登場!?▼第9話/仮面の下の真実▼第10話/ラットゥンアップル▼第11話/雨中の刻印●主な登場人物/江戸川コナン(見かけは小学生だが、その正体は「黒の組織」の男たちに薬を飲まされ身体が縮んでしまった高校生名探偵・工藤新一)、毛利蘭(帝丹高校に通う新一の幼なじみで、ガールフレンド)、毛利小五郎(蘭の父親。妻に逃げられ、娘の蘭と二人暮らしのヘボ探偵だったが、コナンのおかげで世間からは名探偵だと思われている)●あらすじ/「黒の組織」の手がかりを求めて出島のデザイン事務所へ向かったコナンは、デザイン事務所社長・出島の毒殺事件に遭遇する。遺体の左手、ベルト、ハンカチ、そして直前に食べたハンバーガーから毒物反応が検出されるが、他のどこからも毒物の痕跡は見い出せない。その死のトリックをコナン、阿笠博士、灰原の3人が暴く。●本巻の特徴/「隠されていた真実」は前巻から続いての物語の完結編。「good-byeジョディ」〜「信じられない結末」は、コンビニでバイトをする蘭の友人・絢に泥棒の疑いがかけられているところを訪れた蘭、園子、ジョディの3人が、コナンの助けを借りずに推理を試みる。「満月の夜と黒い宴の罠」〜「仮面の下の真実」は、幽霊船上での仮装パーティーで起きた殺人事件の裏で、哀とコナンをつけ狙う“黒の組織”が暗躍、ふたりに危機が迫る。「雨中の刻印」では、子どもを狙って「5」の刻印を残していく謎の通り魔事件が発生する。●その他の登場人物/目黒警部(警視庁の鬼警部。小五郎の元上司)、阿笠博士(新一の隣人で、日夜発明にいそしむ天才科学者)、灰原哀(「黒の組織」で薬物を研究していたが、組織を裏切りコナンと同じ薬を飲んで、子供の姿で逃亡)、ジョディ・スターリング(帝丹高校の英語教師をしているが、その真の姿は…)、鈴木園子(蘭の親友。鈴木財閥のお嬢様だが、気取った所がない気さくな女の子)、服部平次(関西の高校生探偵。「西の名探偵」として「東の名探偵・工藤新一」と並び称される、新一のライバル)
▼第39話/トライアングル+1!?▼第40話/オレと勝負だっ!!▼第41話/不純だっ!!▼第42話/登板!!▼第43話/ナマイキよっ!!▼第44話/“きむらのはんげき”▼第45話/やったろうじゃん!!▼第46話/熱い…▼第47話/約束や!▼第48話/フェニックスは不滅です!●主な登場人物/鳳啓助(リトル&シニアリーグの両世界大会MVPを受賞した中学3年生。フェニックスにドラフト1位指名され、14歳にしてプロ野球選手に)、鳳欽助(啓助の父。過去8回も三冠王に輝いた、フェニックス不動の四番打者で、プロ野球界のスーパースター。40歳)●あらすじ/オープン戦を締めくくる「オオナミ杯」決勝の試合開始を前に、播帳は高濃度酸素カプセルを使ったケガの治療に専念していた。その傍らには、ケガの原因となった綾弥が…。一方ブルペンでの調整を終えた後、球場内で迷子になっていた啓助がそこにハチあわせ。小さい頃は結婚の約束までした啓助に向かって、綾弥は播帳のことを自分の婚約者だと告げる(第39話)。●本巻の特徴/一軍オープン戦オオナミ杯。天候が悪化し遠征先から帰れなくなった一軍に替わり、急きょ決勝に出場することになった啓助たち二軍の面々。二軍の彼らは、昨年の覇者・銀河キングスに一矢報いることができるのか? 最終巻もボンバー!!●その他の登場人物/浜田勝利(高卒後、ドラフト8位でフェニックスに入団し2年目を迎える小柄な若手捕手。1軍入りを目指す苦労人)、中島譲治(フェニックスの選手。大学野球のスターとして将来を嘱望されたが、プロ9年目の今も2軍でくすぶり続ける)、木村準(キングスの1番打者で遊撃手。天才的な打撃センスを持つが練習嫌い)、播帳大樹(銀河キングスの中心選手。チームの四番打者として、欽助に強烈なライバル心を持ち、毎年三冠王を争う)、丸亀綾弥(啓助の同級生。キングス・オーナーの娘でものすごいお嬢様。啓助とは幼なじみで小さい頃は結婚の約束までしたが、今はなぜか啓助を嫌っている) 、鳳百合子(啓助の母。啓助も欽助も、この母には頭があがらない)、鳳さやか(啓助の妹。小学4年生)