2006年3月17日発売
天才ピッチャー原田巧と、同級生の永倉豪はバッテリー。巧は初めてグラブで掴んだボールを探して池の淵で動けなくなっている弟・青波を助けようとして池に落ちてしまうが…。子供時代の短編2編を収録した第3巻!!
●主な登場人物／江戸川コナン（見かけは小学生だが、その正体は「黒の組織」に薬を飲まされて幼児化した高校生名探偵・工藤新一）、毛利蘭（新一の幼なじみ。帝丹高校2年）、毛利小五郎（蘭の父親で探偵。コナンのおかげで“眠りの小五郎”として有名に） ●あらすじ／ついに黒ずくめの組織に近付くチャンスがめぐってきた！ 新一に薬を飲ませ小さくした張本人のジンとウォッカがコナンの前に現れたのだ!? だが、恐ろしい連続殺人事件が発生… 逃げ場のない超高層ビルで、絶体絶命の危機がコナンに迫る!? ●その他の登場人物／小嶋元太・吉田歩美・円谷光彦（コナンの同級生。少年探偵団を結成）、灰原哀（コナンと同じ薬で幼児化した女性。正体は不明）、阿笠博士（工藤家の隣りに住む科学者。新一とコナンが同一人物だと知っている）、鈴木園子（鈴木財閥の令嬢。蘭とは大親友）、目暮（警視庁捜査一課の警部）
●主な登場人物／江戸川コナン（見かけは小学生だが、その正体は「黒の組織」に薬を飲まされて幼児化した高校生名探偵・工藤新一）、毛利蘭（新一の幼なじみ。帝丹高校2年）、毛利小五郎（蘭の父親で探偵。コナンのおかげで“眠りの小五郎”として有名に） ●あらすじ／架空体験ゲーム「コクーン」に乗り込んだコナンたち。ところが謎の人工頭脳に50人の子供たちが人質に取られてしまう!? 仮想空間にできた100年前のロンドンで、歴史的大事件の謎を解かなければならなくなったコナンだが…!? ●その他の登場人物／小嶋元太・吉田歩美・円谷光彦（コナンの同級生。少年探偵団を結成）、灰原哀（コナンと同じ薬で幼児化した女性。正体は不明）、阿笠博士（工藤家の隣りに住む科学者。新一とコナンが同一人物だと知っている）、鈴木園子（鈴木財閥の令嬢。蘭とは大親友）、目暮（警視庁捜査一課の警部）
▼第30〜37話／Fujiyama Gangsta Paradise PT-9〜16 ●主な登場人物／ロック（本名・岡島緑郎。日本の商社マンから、ラグーン号の見習い水夫に）、ダッチ（ラグーン号のボス。常に冷静沈着）、レヴィ（ラグーン号の銃使いで、通称・2挺拳銃［トゥーハンド］。ウルトラ短気な女）、ベニー（ラグーン号のハイテク機器担当。マフィアとFBIを怒らせて、アメリカを脱出したらしい） ●あらすじ／チャカにさらわれた雪緒を救出するため、レヴィや銀次と共にボウリング場へと急行するロック。その車中、いまだロックの肩入れする理由に納得していない銀次が事情を問うと、ロックは「彼女はこの世界にいていい人間じゃない」と答える。やがて車は目的地に辿り着き、ロックは裏口から、そしてレヴィと銀次は真正面から突入して…（第30話）。 ●本巻の特徴／ロシアン・マフィアと鷲峰組との抗争の渦中にいる組長の一人娘・雪緒を救うべく、奔走するロック。だが事態は、避けられない対決へと突き進んでいき…？ 毎度おなじみオマケ漫画「ブラック・ラグーン めざせM-1グランプリ」も収録!! ●その他の登場人物／バラライカ（ロシアン・マフィア［ホテル・モスクワ］タイ支部の女ボス。元ソ連軍大尉）、鷲峰雪緒（鷲峰組長の娘。高校生）、銀次（“人斬り銀次”と名の通った極道で、鷲峰組長の死後は雪緒に仕える）、 板東（鷲峰組の若頭。バラライカに殺される）、チャカ（鷲峰組のチンピラ。ガンマンを気取っている）
