2007年10月18日発売
▼第1話／鋼の楔▼第2話／音▼第3話／空飛ぶ死体▼第4話／力学とアリバイ▼第5話／百足▼第6話／鎧武者▼第7話／兵法▼第8話／風林火山▼第9話／戦▼第10話／陰と雷▼第11話／疑惑の瑛祐 ●主な登場人物／江戸川コナン（見かけは小学生だが、その正体は「黒の組織」に毒薬を飲まされて体が小さくなった高校生名探偵・工藤新一）、毛利蘭（新一の幼なじみ。帝丹高校2年）、毛利小五郎（蘭の父親で探偵。コナンのおかげで“眠りの小五郎”として有名に） ●あらすじ／水無怜奈に呼び出され、1人で待ち合わせ場所に向かった赤井は、彼女から裏切りの銃弾を受けた。さらに頭にとどめを刺された上に、車ごと爆破されてしまう!! その事件をテレビのニュースを知ったジョディは、現場の焼死体が赤井であるかどうかを確認すべく、さっそく警視庁を訪ねるが…（第1話）。 ●本巻の特徴／FBI赤井の身に何が…？ 大好評「黒ずくめシリーズ」完結話を収録。その他、犯人は筋骨隆々な力持ち!? 凄腕の男性格闘家殺人事件（第2〜4話）。虎田・龍尾両家を襲う呪いの連続殺人事件（第5〜10話）。殺したのは、殺されたのは？ カラオケボックス殺人事件（第11話）の3編収録。 ●その他の登場人物／小嶋元太・吉田歩美・円谷光彦（コナンの同級生たち。少年探偵団を結成）、灰原哀（新一が飲まされた毒薬の開発者だが、自らも薬を飲んで「黒の組織」から逃亡。阿笠の家に居候中）、阿笠博士（工藤家の隣りに住む科学者。新一とコナンが同一人物だと知っている）、服部平次（関西の高校生探偵。新一のライバル）、遠山和葉（平次の友人。父は刑事部長）、本堂瑛祐（蘭のクラスのドジな転校生。水無怜奈となんらかの関係が…？）、妃英理（蘭の母で敏腕弁護士。夫・小五郎とは別居中）
▼第165話／約束▼第166話／裏切り者▼第167話／読心▼第168話／諜報班▼第169話／影宮 閃▼第170話／飛来▼第171話／隠密行動▼第172話／恐慌▼第173話／集結▼第174話／四師方陣 ●主な登場人物／墨村良守（結界師・墨村家の22代目正統継承者。14歳。時音を守るために強くなろうと決意）、雪村時音（良守の隣家に住む結界師一族の娘。16歳。家同士は犬猿の仲） ●あらすじ／神佑地にひとり閉じこめられた正守は、影を操ることによって必死で出口を作り出そうと試みるが、闇の力は想像以上に圧倒的なものだった。なんとか道を切り開き、わずかな外の光を目指して歩いていくが、ついには力尽き倒れてしまう。だがそのとき、外から自分を呼ぶかすかな声が聞こえてきて…？（第165話） ●本巻の特徴／ワケあり幹部・細波慧の突然の帰還、影宮閃と秋津秀の烏森への派遣など、夜行が再編に向けて本格的に動き出す！ 後半では、突如として現れた一匹の蝶が烏森を覆い尽くす…!? ●その他の登場人物／墨村正守（良守の兄。裏会の幹部組織・十二人会のメンバーであり、夜行の頭領）、影宮閃(裏会・実行部隊「夜行」の一員。 能力は妖混じり)、秋津秀（裏会・実行部隊「夜行」の一員。コウモリの羽を持ち、空を飛ぶことができる）、細波慧（裏会・実行部隊「夜行」諜報班の主任で、夜行のNO.3。人の心を読むことができる）
