2008年4月18日発売
小葉を人質にとられたジンは、プレイヤーを前に打開策を見出せずにいた。いっぽう、高雅もアルファスとして初出勤。最愛の妹の救助に向かうのだが…。瀕死の重傷を負った小葉の運命は!? 陰謀渦巻くゴーストタウンで壮絶なバトルが始まる…!!
▼第185話／風の謀略▼第186話／番人▼第187話／取引▼第188話／兄の望み▼第189話／正守対扇▼第190話／巨大竜巻▼第191話／肉塊▼第192話／若さ▼第193話／本気で心配▼第194話／おいてけぼり ●主な登場人物／墨村良守（結界師・墨村家の22代目正統継承者。14歳。時音を守るために強くなろうと決意）、雪村時音（良守の隣家に住む結界師一族の娘。16歳。家同士は犬猿の仲） ●あらすじ／正守を陥れようとする扇一族の陰謀で、神佑地に向かった扇五郎。そして痛めつけた土地神と調査中の夜行部隊を遭遇させ、まんまと夜行に主殺しの罪をかぶせてしまう。土地神との戦いで部下を三人も失い、苦境に立たされた正守だったが、そこで奥久尼から情報交換を持ちかけられて…？（第185話） ●本巻の特徴／ついに正守と扇一郎が直接対決！ 裏会幹部同士の壮絶な戦いの結末は？ 一方、良守は「結界師の能力を調べたい」という奥久尼の頼みを聞き入れ、奥久尼のもとへ行くが…!? ●その他の登場人物／墨村正守（良守の兄。裏会の幹部組織・十二人会のメンバーであり、夜行の頭領）、影宮閃（裏会・実行部隊「夜行」の一員。 能力は妖混じり）、秋津秀（裏会・実行部隊「夜行」の一員。コウモリの羽を持ち、空を飛ぶことができる）、扇一郎（風使い・扇一族の長男。裏会幹部で十二人会第八客）、奥久尼（裏会の幹部。十二人会第九客）
●主な登場人物／江戸川コナン（見かけは小学生だが、その正体は「黒の組織」に薬を飲まされて幼児化した高校生名探偵・工藤新一）、毛利蘭（新一の幼なじみ。帝丹高校2年）、毛利小五郎（蘭の父親で探偵。コナンのおかげで“眠りの小五郎”として有名に） ●本巻の特徴／太平洋を航海する豪華客船・アフロディーナ号。華やかな航海の中で発生した、八代貴江社長殺人事件！ 15年前と最近起きた、八代グループに関わる2つの事故の謎とも絡み合う中、コナンの推理が始まる!! ●その他の登場人物／小嶋元太・吉田歩美・円谷光彦（コナンの同級生。少年探偵団を結成）、灰原哀（コナンと同じ薬で幼児化した女性。正体は不明）、阿笠博士（工藤家の隣りに住む科学者。新一とコナンが同一人物だと知っている）、鈴木園子（鈴木財閥の令嬢。蘭とは大親友）、怪盗キッド（正体・年齢など一切不明の世界的大泥棒で、コナン宿命のライバル）
▼第18〜19話／African Golden Butterflies（phase.4〜5）▼第20話／空路▼第21〜24話／モンド・グロッソ（phase.1〜4） ●主な登場人物／ココ・ヘクマティアル（世界的な海運王を父に持つ若き武器商人。HCLI社ヨーロッパ・アフリカ兵器運搬部門所属）、ヨナ（少年兵。両親を殺した武器を憎んでいる） ●あらすじ／幻の蝶を求めて雪山入りした日本人科学者・天田南。ロボット技術の権威である彼女は、自身の研究が武器に転用されることを憂いていたが、武器商人の中でもココに対しては特別な思い入れがあるようだった。彼女をめぐり、ココと中国人武器商人・陳が一見穏やかな腹の探り合いをする一方、山中では互いの部隊が激しい戦闘を繰り広げていた。陳の部隊を率いるカレンに仇の面影を見たバルメが一騎打ちをしかける中、ヨナは敵の部隊の弱点に気付き…（第18話）。 ●本巻の特徴／ロボット技術の権威・天田南をめぐる、中国人武器商人・陳との争奪戦の行方は？ そして、次なる取引の地・ロンドンでは、元女優の華麗なる商売敵に先手をとられてしまい…。 ●その他の登場人物／バルメ（ココの部隊の一員。ココを愛するナイフ使い）、レーム（古参の傭兵。ココの部隊のリーダー的存在）、ルツ（ココの部隊の一員。主に狙撃担当）、天田南（日本人科学者。ロボット技術の権威）、陳国明（中国人武器商人。貿易会社「大星海公司」の専務）、カレン・ロウ（陳の部下で、ボディガード）、スケアクロウ（CIAエージェント。金の匂いに敏感）、ショコラーデ（スケアクロウと組む情報屋）
