2004年4月10日発売
「超能力」が“一般科学”として認知された世界ーー。東京西部に位置する人口230万人弱の巨大都市。人口の約8割を学生が占めることから、「学園都市」と呼ばれていた。落第寸前の高校生・当麻は、ある日「魔術（オカルト）」の世界から逃げてきたというシスター姿の少女・インデックスに遭遇。最初は半信半疑だったが、二人の前に本当に魔術師が現れてーー!?
「楽しみだなあ。楽しみだなあ。楽しみだなあ。この街は俺の知らない事がまだまだまだまだ溢れ、生まれ、消えていく。これだから人間の集まる街は離れられない！ 人、ラブ！ 俺は人間が好きだ！ 愛してる！」 東京・池袋。そこにはキレた奴らが集う。非日常に憧れる少年、喧嘩上等のチンピラ、ストーカーもどきの電波娘、趣味で情報屋を営む青年、ヤバイ患者専門の闇医者、魔物に魅せられた高校生、そして漆黒のバイクを駆る“首なしライダー”。 そんな彼らが繰り広げる物語は痛快な程マトモじゃない。だが、彼らは歪んでいるけれどもーー恋だってするのだ。
十七歳の僕は皇帝。でも自分が偉いという気は全然しない。綺麗で優しい婚約者のユイ姫ともぎくしゃくする毎日。伝統と義務ばかりが重たく、自分がしたいことも見つからない……そんな僕が憧れるのは、かつて全世界を相手に戦ったという美しき性別不明の戦鬼ルルド・バイパーだった。だがその子供っぽい憧れが、やがてこの世のすべてを揺るがす混乱に発展しようとはーー詠韻文明と呼ばれる奇妙な物理法則に支配される幻想の世界に滅亡と崩壊の陥穽（あな）が開くとき、若き皇帝は決断を迫られる……絢爛たる魔人と、容赦なき機械と、揺れ動く少年少女の心が毒蛇の如く絡み合う、これは無為無策（でたらめ）な夢物語の顛末ーー。
初夏の夜、奥多摩の街外れに突然現れた概念空間で、一つの戦闘が行われた。それはかつて3rd-Gが生み出した人型機械「武神」同士によるものだった。 3rd-Gは、神々の力を持つ人々が創り上げた自動人形と武神と呼ばれるロボットの世界。そして、60年前の大戦時のある出来事により二つの穢れを持つという。 佐山たちは、この3rd-Gを次の全竜交渉の相手に選ぶが、この穢れにより全Gを敵に回す危険性を抱え込むことに……。 はたして、3rd-Gが持つ二つの穢れとは何か？ 二体の武神の闘いの意味は？ 佐山たちは過去の遺恨を取り除き、無事交渉を成功させることができるのか？
白い死神は尋ねます。キミは何処に行くの？ キミは誰に逢いに行くの？ キミは何処まで歩いて行くの？ キミは何処まで、飛んでいけるの……？ 人と死神の不思議なふれあい。それは、前ばかりじゃなく後ろを振り返る勇気と、あと一歩踏み出す心の強さを、ほんのすこしだけ与えてくれるのです。白い死神は尋ねます。--キミは何処に行くの？ 聴こえますか？ これは、白い死神からの哀しくてやさしい唄。
自分の部屋に、純白のシスターがいきなり空から降ってきた。「ありえねえ…」上条当麻はつぶやくが、そのシスター姿の少女はこう言った。自分は魔術の世界から逃げてきたーと。ここは“超能力”が“一般科学”として認知された、アンチ・オカルトの学園都市。上条は『インデックス』と名乗る謎の少女の言動をいぶかしむが、二人の前に本当に“魔術師”が現れてー！期待の新人が贈る学園アクションストーリー登場！
異界に名を轟かす「逃がし屋」を営む逆貫絵馬と助手の倫太郎のもとに、奇妙な仕事依頼の手紙が届いた。 差出人は不明。 早速、手紙に記された場所に赴くが、そこは結界に守られた隠れ里で、折りしも7日間続くという異様な祭りが始まるところだった。 絵馬達に何かをひた隠す村人達、そして、自らを幸せだと信じる囚われの少女……。 やがて祭りが佳境を迎えるとき、秘められた隠れ里の真実が明らかになる！
