2004年4月10日発売
「超能力」が“一般科学”として認知された世界ーー。東京西部に位置する人口230万人弱の巨大都市。人口の約8割を学生が占めることから、「学園都市」と呼ばれていた。落第寸前の高校生・当麻は、ある日「魔術（オカルト）」の世界から逃げてきたというシスター姿の少女・インデックスに遭遇。最初は半信半疑だったが、二人の前に本当に魔術師が現れてーー!?
「楽しみだなあ。楽しみだなあ。楽しみだなあ。この街は俺の知らない事がまだまだまだまだ溢れ、生まれ、消えていく。これだから人間の集まる街は離れられない！ 人、ラブ！ 俺は人間が好きだ！ 愛してる！」 東京・池袋。そこにはキレた奴らが集う。非日常に憧れる少年、喧嘩上等のチンピラ、ストーカーもどきの電波娘、趣味で情報屋を営む青年、ヤバイ患者専門の闇医者、魔物に魅せられた高校生、そして漆黒のバイクを駆る“首なしライダー”。 そんな彼らが繰り広げる物語は痛快な程マトモじゃない。だが、彼らは歪んでいるけれどもーー恋だってするのだ。
自分の部屋に、純白のシスターがいきなり空から降ってきた。「ありえねえ…」上条当麻はつぶやくが、そのシスター姿の少女はこう言った。自分は魔術の世界から逃げてきたーと。ここは“超能力”が“一般科学”として認知された、アンチ・オカルトの学園都市。上条は『インデックス』と名乗る謎の少女の言動をいぶかしむが、二人の前に本当に“魔術師”が現れてー！期待の新人が贈る学園アクションストーリー登場！
異界に名を轟かす「逃がし屋」を営む逆貫絵馬と助手の倫太郎のもとに、奇妙な仕事依頼の手紙が届いた。 差出人は不明。 早速、手紙に記された場所に赴くが、そこは結界に守られた隠れ里で、折りしも7日間続くという異様な祭りが始まるところだった。 絵馬達に何かをひた隠す村人達、そして、自らを幸せだと信じる囚われの少女……。 やがて祭りが佳境を迎えるとき、秘められた隠れ里の真実が明らかになる！
