2006年発売
●主な登場人物／江戸川コナン（見かけは小学生だが、その正体は「黒の組織」に薬を飲まされて幼児化した高校生名探偵・工藤新一）、毛利蘭（新一の幼なじみ。帝丹高校2年）、毛利小五郎（蘭の父親で探偵。コナンのおかげで“眠りの小五郎”として有名に） ●あらすじ／ついに黒ずくめの組織に近付くチャンスがめぐってきた！ 新一に薬を飲ませ小さくした張本人のジンとウォッカがコナンの前に現れたのだ!? だが、恐ろしい連続殺人事件が発生… 逃げ場のない超高層ビルで、絶体絶命の危機がコナンに迫る!? ●その他の登場人物／小嶋元太・吉田歩美・円谷光彦（コナンの同級生。少年探偵団を結成）、灰原哀（コナンと同じ薬で幼児化した女性。正体は不明）、阿笠博士（工藤家の隣りに住む科学者。新一とコナンが同一人物だと知っている）、鈴木園子（鈴木財閥の令嬢。蘭とは大親友）、目暮（警視庁捜査一課の警部）
●主な登場人物／江戸川コナン（見かけは小学生だが、その正体は「黒の組織」に薬を飲まされて幼児化した高校生名探偵・工藤新一）、毛利蘭（新一の幼なじみ。帝丹高校2年）、毛利小五郎（蘭の父親で探偵。コナンのおかげで“眠りの小五郎”として有名に） ●あらすじ／架空体験ゲーム「コクーン」に乗り込んだコナンたち。ところが謎の人工頭脳に50人の子供たちが人質に取られてしまう!? 仮想空間にできた100年前のロンドンで、歴史的大事件の謎を解かなければならなくなったコナンだが…!? ●その他の登場人物／小嶋元太・吉田歩美・円谷光彦（コナンの同級生。少年探偵団を結成）、灰原哀（コナンと同じ薬で幼児化した女性。正体は不明）、阿笠博士（工藤家の隣りに住む科学者。新一とコナンが同一人物だと知っている）、鈴木園子（鈴木財閥の令嬢。蘭とは大親友）、目暮（警視庁捜査一課の警部）
▼第30〜37話／Fujiyama Gangsta Paradise PT-9〜16 ●主な登場人物／ロック（本名・岡島緑郎。日本の商社マンから、ラグーン号の見習い水夫に）、ダッチ（ラグーン号のボス。常に冷静沈着）、レヴィ（ラグーン号の銃使いで、通称・2挺拳銃［トゥーハンド］。ウルトラ短気な女）、ベニー（ラグーン号のハイテク機器担当。マフィアとFBIを怒らせて、アメリカを脱出したらしい） ●あらすじ／チャカにさらわれた雪緒を救出するため、レヴィや銀次と共にボウリング場へと急行するロック。その車中、いまだロックの肩入れする理由に納得していない銀次が事情を問うと、ロックは「彼女はこの世界にいていい人間じゃない」と答える。やがて車は目的地に辿り着き、ロックは裏口から、そしてレヴィと銀次は真正面から突入して…（第30話）。 ●本巻の特徴／ロシアン・マフィアと鷲峰組との抗争の渦中にいる組長の一人娘・雪緒を救うべく、奔走するロック。だが事態は、避けられない対決へと突き進んでいき…？ 毎度おなじみオマケ漫画「ブラック・ラグーン めざせM-1グランプリ」も収録!! ●その他の登場人物／バラライカ（ロシアン・マフィア［ホテル・モスクワ］タイ支部の女ボス。元ソ連軍大尉）、鷲峰雪緒（鷲峰組長の娘。高校生）、銀次（“人斬り銀次”と名の通った極道で、鷲峰組長の死後は雪緒に仕える）、 板東（鷲峰組の若頭。バラライカに殺される）、チャカ（鷲峰組のチンピラ。ガンマンを気取っている）
おバカが集まる龍山高校が、倒産の危機。債権整理するためにやってきた弁護士・桜木は、急に気を変えて、一年以内に東大合格者を出して、学校を超進学校化して有名にし、再建することにした。桜木自らが、特別進学クラスの担任となり、集まった水野と矢島の二人を教える。伝説の数学教師・柳、英語の川口、国語の芥山、理科の阿院と個性的で強力な教師陣集まった。それぞれの教師が教える勉強法は、ユニークで効果的なものばかり。受験生必読の東大合格請負漫画！！ 第29回講談社漫画賞 一般部門受賞作品
時は戦国、世は動乱！ そこへ現れた謎のくノ一衆。 乱痴気騒ぎに大乱闘、人目を忍ぶことなどお構いなしの必殺女忍者4人組！！ 武士道なんて知ったことか。男を守るは女の役目！ 独自の発想、新解釈満載の全く新しい戦国時代漫画！ その内容は他に類を見ない戦国嫁探し漫画！？ 破天荒にて奇想天外なるキャスト陣でお送りする 乱飛乱外乱痴気騒ぎ！ 新感覚の戦国時代劇をどうぞお楽しみあれ！ 額に角を持つ不遇な少年・雷蔵のもとへ現れた謎の女忍者たち。曰く、滅亡した刀家のご落胤たる雷蔵をかつぎ、目指すはお家再興！？男を守るは女の役目！乱痴気騒ぎに大乱闘、人目を忍ぶことなどお構いなしの必殺くの一衆との波乱に満ちた旅がはじまる！ 一、出会いの乱 二、出立の乱 三、布団部屋の乱 四、介抱の乱 五、迷情の乱 巻末付録漫画 乱飛欄外
▼第16話／ウランの巻▼第17話／機械に死を!!の巻▼第18話／ゼロニウムの巻▼第19話／エプシロンの巻▼第20話／ロボット嫌いの巻▼第21話／ウランの捜し物の巻▼第22話／プルートゥの巻▼第23話／彷徨（さまよ）える魂の巻 ●主な登場人物／ゲジヒト（ユーロポール所属の特別捜査官。人間そっくりの外見を持つロボット）、アトム（日本の科学技術を結集させた、高性能の少年型ロボット） ●あらすじ／トラックで輸送中に逃げ出した猛獣から、少年を助け出したウラン。彼女は、どうやら他者の恐怖心を敏感に感じ取る特殊能力を持っているらしい。一方、妹・ウランを迎えに警視庁を訪れた兄・アトムは、出入り口のゲートですれ違ったひとりの人間から、何やら異質な感覚を感じ取っていた…（第16話）。 ●本巻の特徴／通常版に加えて、今回もB5判特大サイズ＆連載時のカラーページを再現した豪華版が登場！ 豪華版限定の別冊付録には、浦沢直樹『まんがノート』（1976年の習作）を完全収録!! ●その他の登場人物／ブランド（トルコの格闘ロボットで、ヨーロッパ・チャンピオン）、ヘラクレス（ギリシアの格闘ロボットで、世界チャンピオン）、お茶の水博士（日本の科学省長官でアトムの後見人）、ウラン（アトムの妹でロボット）、エプシロン（ゲジヒトやアトムと並ぶ高性能ロボット）
